De basisstructuur van Paardensport Vlaanderen is een vzw. Alle aangesloten clubs vormen samen de algemene vergadering (AV) hiervan. De AV verkiest de bestuursleden en onder hen worden de voorzitter, 1e en 2e ondervoorzitter, secretaris-generaal en penningmeester gekozen, die, aangevuld met de algemeen directeur, alvast samen het dagelijks bestuur vormen.
De leden van het bestuursorgaan (of ook wel raad van bestuur) worden verkozen uit andere groeperingen/ commissies. We richten, op initiatief van het bestuur, commissies of directie, daarnaast ook vaak werkgroepen op met experts om een bepaald onderwerp te behandelen, waarvoor de kennis intern nog niet (voldoende) aanwezig is.
Paardensport Vlaanderen bestaat intern uit ondersteunende domeinen die een invloed hebben op de volledige organisatie (bv. boekhouding) en specifieke teams die zich concentreren op een bepaald onderdeel van de werking (bv. competitie).
